Налог исчисляется с налоговой базы. В соответствии с налоговым кодексом РФ, налоговая база — сумма доходов, уменьшенная на сумму налоговых вычетов, полагающихся налогоплательщику.
Налогоплательщику при продаже квартиры полагается налоговый вычет в размере 1 млн. рублей, если квартира находится в собственности менее минимально допустимого срока владения.
Минимальный срок владения — 5 лет, или 3 года, если квартира приобретена до 2016 года. Кроме того срок 3 года установлен для квартир подаренных или унаследованных от близких родственников, квартир полученных в собственность в результате приватизации или квартиры, приобретенной плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением.

Если квартира находится в собственности более 5 лет (или более 3-х если она приобретена до 2016-го года), то налогов при продаже платить не требуется.
В противном случае придется уплатить 13 процентов от налогооблагаемой базы, то есть, 13 % с суммы продажи минус 1 млн. рублей. Для нерезидентов процентная ставка выше — 30%, налоговые вычеты для них не действуют.

Если стоимость продажи ниже чем 70% кадастровой стоимости квартиры, то налог придется платить с 70% кадастровой стоимости.
Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов. Соответственно, если вы можете документально подтвердить расходы по приобретению или ремонту продаваемой квартиры на сумму превышающую 1 млн. рублей, то выгоднее использовать этот метод исчисления налогооблагаемой базы.